Thorsten Wagner arbeitet seit seiner Ausbildung zum Arbeitserzieher 1996 in den Donauhof-Werkstätten (Werkstatt für Menschen mit Behinderung) in Passau.
Als Mitglied der Mitarbeitervertretung engagiert er sich seit 1998 in seiner Einrichtung.
Seit 2003 ist er Vorstandsmitglied der DiAG-B-MAV der Diözese Passau und der Gesamt-MAV des Diözesanen Caritasverbandes für die Diözese Passau.
Im Jahr 2009 wurde er zum 1. Vorsitzenden der Gesamt-MAV gewählt. Gleichzeitig wurde er Beisitzer (Dienstnehmerseitig) der AVR-Schlichtungsstelle und der Einigungsstelle der Diözese Passau.

Seit Sommer 2016 arbeitet er als externer Trainer für kifas im Bereich Mitarbeitervertretungsrecht.