Werner Schöndorfer studierte in Landshut an der Fachhochschule (heute Hochschule) Sozialpädagogik.

Seit 1986 arbeitet er im Dienst der Betreuungszentrum Aschau GmbH (vormals Kath. Jugendfürsorge der Erzdiözese München und Freising) im gruppenübergreifenden Dienst des Heilpädagogischen Zentrums Berchtesgadener Land.

Seit dem Jahr 2000 engagiert er sich in der MAV der BZ Aschau GmbH und seit 2005 in der DiAG-MAV-B in München.

Seit 2011 ist er Mitglied in der Arbeitsrechtlichen Kommission des Deutschen Caritasverbandes (Bundeskommission und Regionalkommission Bayern) sowie Mitglied im Vorstand der Mitarbeiterseite der Arbeitsrechtlichen Kommission.